A Agenersa é dirigida por um Conselho Diretor (CODIR) constituído por cinco conselheiros com mandato de quatro anos, podendo ser reconduzido uma única vez consecutiva. Indicado pelo Governador do Estado, o candidato tem seu nome apreciado em plenário pela Assembleia Legislativa do Estado do Rio de Janeiro (Alerj), após análise do currículo e sabatina pelos parlamentares que compõem a Comissão de Normas Internas e Proposições Externas da Alerj.

Os conselheiros relatam os processos deliberados nas Sessões Regulatórias e podem recomendar ou determinar mudanças nos procedimentos, advertir e multar as Concessionárias para adequar ou aperfeiçoar a prestação dos serviços públicos à população.

A Presidência da Agenersa é exercida por um dos conselheiros indicado pelo Governador do Estado. É de responsabilidade do conselheiro presidente a gestão administrativa não atribuída ao CODIR, por meio da Lei nº. 4.556/2005 e do Decreto nº. 38.618/05, em especial o comando hierárquico sobre o pessoal e serviços, inclusive, em matéria relativa à nomeação para cargos, requisição e demais atos pertinentes a pessoal.

No julgamento dos processos referentes às Concessionárias Prolagos e Águas de Juturnaíba, o CODIR conta ainda com um vogal indicado pelo Consórcio Intermunicipal Lagos São João (CILSJ), que é composto pelos municípios de Araruama, Armação dos Búzios, Arraial do Cabo, Cabo Frio, Cachoeiras de Macacu, Casimiro de Abreu, Iguaba Grande, Maricá, Rio Bonito, Rio das Ostras, São Pedro da Aldeia, Saquarema e Silva Jardim.

No julgamento dos processos regulatórios que envolvam a Companhia Estadual de Águas e Esgotos (Cedae), o vogal pode ser representado por uma pessoa que na ocasião represente um dos municípios da área de atuação da Companhia; e no caso de haver mais de um representante, a escolha é feita por sorteio realizado pelo consellheiro presidente no momento anterior ao início dos trabalhos da Sessão Regulatória.

A Agenersa também regula e fiscaliza as Concessionárias Ceg e Ceg Rio, empresas do grupo Naturgy.

O CODIR da Agenersa é formado por:

Rafael Carvalho de Menezes - Conselheiro Presidente

Vladimir Paschoal de Macedo - Conselheiro

Rafael Augusto Penna Franca - Conselheiro

Marcos Cipriano de Oliveira Melo - Conselheiro

José Antonio de Melo Portela Filho - Conselheiro